Il tempio è diviso in tre aree principali, ognuna con una propria funzione e importanza. Il primo cortile, o 'jaba pura', è l'ingresso principale del tempio. Segue il cortile centrale, 'jaba tengah', che è il cuore del tempio e ospita i bacini di purificazione. Infine, il cortile interno, 'jeroan', è il santuario principale dove si trovano gli altari dedicati alle varie divinità.
Il tempio è noto soprattutto per le sue vasche di purificazione**, alimentate dalla sorgente sacra creata, secondo la leggenda, dal dio Indra. Nel bacino principale si trovano in totale tredici fontane, ognuna con un proprio significato. I devoti si bagnano in queste fontane in un ordine specifico, in cerca di purificazione e benedizione.
Tirta Empul è adornato con sculture e rilievi dettagliati che raccontano storie della mitologia indù. Draghi, demoni, dei e dee sono raffigurati con grande precisione e ogni scultura riflette una storia o una leggenda. Sono presenti anche motivi floreali e faunistici, tipici dell'arte balinese, che aumentano la bellezza e la complessità del disegno.
Il tempio è costruito principalmente con pietra vulcanica e mattoni rossi, materiali locali utilizzati da secoli nella costruzione dei templi balinesi. La scelta di questi materiali non è solo estetica, ma anche simbolica, evocando il legame tra la terra, la natura e il divino.